Человечество втянуто в войну с кибернетической расой с планеты Строггос. Каким-то чудом нам удалось отбить Землю, и теперь главной нашей целью стала родина наших врагов – планета Строггос. Quake 4 продолжает стори-лайн Quake 2 и фактически начинается вскоре после завершения основных событий этой игры. Уничтожение политического лидера строггов Макрона (Quake 2) не привело к ожидаемому хаосу и борьбе за власть – противник сгруппировался вокруг одного единого, ещё более мощного Макрона. Тем не менее, благодаря уничтожению планетарной защиты Строггоса (Big Gun – Quake 2) стала возможной относительно безопасная массовая высадка десанта на поверхность. В первом эшелоне снова вы.